中西方研究目的差异
针刺在西方的广泛应用是从20世纪70年代才刚刚开始，所以西方学者往往带着谨慎甚至怀疑的态度去研究。其研究目的是为了确定“针刺是否有效”（其假说是“针刺可能无效”），因而其实验对照组往往设为安慰治疗组（假针刺组）。
然而对中国学者来说，针刺方法已经被应用了数千年，因而研究目的往往是为了证明针刺的高效性，其前提是“针刺是有效的”，所以其试验对照组往往设为常规治疗组。
由于试验目的不同，导致对待试验结果的处理不同。在西方，显示针刺有效（阳性）和不显示其有效（阴性）的试验结果都有报道，研究者会对那些阴性的试验结果进行分析，以找出原因，为合理设计后续试验提供经验，最终使得越来越多的报道显示出针刺的有效性。
而国内学者做试验的前提是“针刺是有效的”，有阴性结果的试验就不会被报道。由于那些失败的经验不能被分享，在某种程度上阻碍了针刺研究的发展。
科研方法的差异
由于研究目的不同，在科研设计上就显示出不同。如果以安慰治疗（假针刺）组做对照，就要采用盲法，即病人不知道自己被分到哪个组。科研研究强调随机分组，使得两组病人的入组条件相似并有可比性。而各课题组成员亦有明确分工，成员之间互不知情，以避免影响研究结果判断。
如在西方临床试验中有专职临床研究协调者负责病人招募和资料收集，但不参与治疗；而治疗者往往是有经验的针灸治疗师，只负责提供治疗，不参与资料收集。因为科研方法严谨，避免了人为误差及偏倚。
反观国内的科研往往是比较两种不同疗法的差异，因而难以执行患者盲法；同时课题组成员分工不明确，如负责针刺的治疗师往往又是病例收集者及评估者，难免偏倚。再者，临床试验往往是由研究生完成，相对经验不足，而且研究时间往往仓促，以致实验执行粗糙，过程有欠严谨。
中国针刺研究的优势
最近几年西方针刺研究逐步深入，特别是对针刺治疗疼痛症（如颈痛、腰痛、头痛、肩痛、关节痛）已经有明确证据。2012年9月，美国纽约斯隆·凯瑟琳医院的安德鲁·维克斯博士发表了对29个大型、大样本（约1.8万患者）的针刺临床实验的综合分析，结果显示针刺疗效显著优于安慰性针刺，且优于西医常规治疗。
由于在中国实行安慰性假针刺比较困难，笔者认为中国的针灸研究应该以解决临床实际问题为主。如针刺的效时（起效和持续时间）、频率（每周最合理针刺次数）和预后 (是否需要后续治疗)，或者研究如何与西药配合以达到更好的疗效。这些实验结果能为临床服务提供直接和实用的证据。
但是，在做这种研究的同时，严谨的科学方法是不能或缺的。如上述严格随机分组、人员分工、临床研究人员水平的提高，都是保证科研方法严谨性的基本因素。从而真正使循证医学的方法在针刺科研领域中得以应用。
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