20世纪90年代以来，脑功能成像（包括脑功能磁共振fMRI、脑正电子发射CT扫描PET等），在脑器官水平针刺机制研究中占主导地位。
目前，国内外学者在穴位特异性、不同针刺技术、针刺即刻或延后效应所诱导的脑活动及脑网络变化进行了逐步深入的研究，近年来已开始探索针刺治疗疾病的脑中枢机制，在不同针刺方法、手法、得气及针刺安慰效应方面已取得一些重要的研究结果。
在世界上，美国的优势是设计严谨、采用先进的图像处理，并与脑科学研究相结合，虽然临床做的少，但小数据做出了数篇大文章。中国的优势是临床做的多，研究主要集中在脑功能成像机制的多模态研究及其基础，已初步显示多学科综合实力，但临床研究质量以及脑功能机制研究的基础需要进一步加强。
目前，多个研究组提出自己的假说。具有国际影响力的观点是哈佛大学麻省总医院Hui医生最早提出的边缘系统负激活学说。这一学说在不同团队的系列研究和meta分析综述中得以证实。负激活效应在针灸研究中越来越受到关注，但其是否与神经核团功能直接相关还需进一步研究证实。
最近，我们团队就得气对脑功能影响进行了研究，发现其影响在不同穴位间既有共性也有差异，支持穴位脑效应存在相对特异性的观点，并提出针刺调制边缘叶-旁边缘叶-新皮层网络的假说，其中包括对脑默认网络的核心脑区起到了明显的调制效应。
国外Napadow团队提出针刺调制脑默认网络及体感运动网络，针刺对以边缘叶结构为主的自主神经系统具有较特征性的调制作用。Kong及Gollub实验室提出针灸止痛不同于安慰效应，但明显受到安慰效应的影响，安慰效应在真穴和假穴之间存在差异。国内田捷研究组近年提出了针刺穴位具有“时空编码脑网络”的效应特异性，强调针刺实验单砖块设计方案，结果显示针刺调控了杏仁核网络。
多数的fMRI对照研究均显示实验组和对照组诱导脑区活动和脑网络变化间存在差异。但这种差异是否就代表了每个穴位在脑内的特异性值得商確, 这是基于外周针刺信息入脑后均存在集中及弥散传递，脑功能核团信息处理的高度综合性，脑网络的复杂性，而且这种可能的特异性与临床疗效的关系也不甚明了。
比如，尽管不同研究报道的实验结果并不一致，但相对特异性也体现在大多数研究均显示了针刺诱导的即刻性和持续性效应，包括诸多重叠的脑功能区：如躯体感觉运动区、注意相关脑区、痛觉情感处理和认知脑区；针刺也调制了包括默认网络、感觉运动网络、疼痛网络、注意网络和杏仁核相关情感情绪网络等多个脑网络。
本版文章由中国针灸学会和中国中医科学院针灸研究所提供。资助课题：国家重点基础研究发展计划项目（2010CB503500）；“十二五”国家科技支撑计划课题（2012BAI24B00）
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