许国祯博通经史，尤精于医术。为人耿直，不畏权贵，胆识超群，敢于当面直言，因此颇受忽必烈的信任和重用。
一次，伯撒王妃患眼疾，某御医为她针灸治疗。由于行针失误，造成一只眼睛失明。忽必烈大怒，准备处死这个御医。许国祯从容不迫直言相谏：“其罪当死，然而情有可原，这位御医是因为恐怖才造成的失误。现在您杀了他，以后谁还敢为皇家治病呢？”忽必烈听从了他的劝告，称赞道：“国祯之直，可作谏官。”
忽必烈晚年少运动而多酒肉，常常过量饮用白马奶酒，体内高嘌呤食物蓄积，造成痛风，即史书上说的“足疾”。忽必烈嫌许国祯为其进的药味道太苦，不想喝。许国祯说：“古人常说：‘良药苦口利于病，忠言逆耳利于行。’”不久，忽必烈“足疾”复发，召见许国祯说：“我没有听你的劝告，这会儿果真受困于这个病了。”许国祯借机劝谏：“良药苦口您已经知晓了，忠言逆耳还请陛下多多留意！”忽必烈大喜，赏赐七宝马鞍给许国祯。
许国祯的劝谏并非就病论病，而是通过进谏的机会，希望忽必烈体恤天下苍生，成为一代有作为有德行的明君。
元宪宗九年（公元1258年），忽必烈率蒙古大军攻克鄂州（湖北武昌），俘虏宋军数百人。杀红了眼的将领要求把这些俘虏活埋。许国祯冒死进谏，请求只杀穷凶极恶者，忽必烈最终赦免了这些宋朝的军人。
大军班师时，招纳归降的百姓数十万人。由于缺乏粮食，沿途有许多人饿倒在地。许国祯再次为民请命，请求忽必烈发放蔡州军粮赈灾，得到允许后，许许多多饿倒的百姓得以活命。
忽必烈即位后，按照许国祯的功劳授光禄大夫、提点太医院事，赐金符。两年后升职为礼部尚书，拜集贤大学士。
许国祯并没有辜负皇帝的信任，他召集贤能的医学界人才，倾尽平生所学，主持编修了《至元增修本草》一书。此书是元代唯一的官修本草，可惜书佚失传。后又撰成《御药院方》辑南宋、金、元三朝医方，若干成方不见于其它方书。是我国现存最早、最完整的宫廷医药处方集，一度流传到朝鲜半岛和日本国，在今天，这部书对临床应用仍有一定的参考价值。（林岩）
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