因为“阴气从足上行至头，而下行循臂至指端；阳气从手上行至头，而下行至足，故曰阳病者，上行极而下；阴病者，下行极而上”（《素问·太阴阳明论》）。若饮食劳倦损伤脾胃，则脾气下陷，胃气上逆，升降失调而为病。李东垣说，若“损伤脾，真气下溜，或下泻而久不能升，是有秋冬而无春夏，乃生长之用陷于殒杀之气而百病起矣，或久升而不降亦病焉”。其证“怠惰嗜卧，四肢不收，大便泄泻”。若胃失和降，下脘不通，胃气热，热气熏胸中，则生内热，“胃病则气短，精神少而生大热，有时而显火上行独燎其面”。脾病与胃病可相互影响，“胃既病则脾无所禀受……故亦从而病焉。……脾既病，则其胃不能独行津液，故亦从而病焉”。然在脾胃升降失调的矛盾中，主要矛盾是脾失升清，以致阴火窃发上干，“胃既受病不能滋养，故六腑之气已绝，致阳道不行，阴火上干”，脾胃不足，六腑失养，五脏无所禀受，其所属组织器官亦为之病。所谓“脾胃既为阴火所乘，谷气闭塞而下流，即清气不升，九窍为之不利”。
五脏的气性功能各不相同，其为病临床症状亦异。若因内伤脾胃，升降失调，导致脏腑经络、四肢九窍的病变，虽其证候复杂，但却反应出元气与阴火共同的矛盾特征，这一观点，贯穿于李氏整个理论与实践之中。
如脾失升清，则肺失所养而病。东垣说：“饮食入胃，其荣气上行，以输于心肺，以滋养上焦之皮肤腠理之元气”；若脾气不升而反下流，“其心肺无所禀受，皮肤间无阳，失其荣卫之外护，故阳分皮毛之间虚弱，但见风见寒，或居阴寒处，无日阳处，便恶之也”（《内外伤辨惑论》）。若脾为湿困，清阳不升，肺失所养，肺卫不足，“则兼见肺病，洒晰恶寒，惨惨不乐，面色恶而不和，乃阳气不伸故也”。若脾气下流，谷气不得升浮，致阴火上冲，肺失肃降，“则气高而喘，为烦热，为头痛，为渴而脉洪”。
脾虚不能升清，则气血不能上滋于心，心血不足，心火浮动，“致使心烦而乱，病名曰悗，悗者心惑而烦闷不安也，是清气不升，浊气不降，清浊相干。乱于胸中，使周身气血逆乱。”心失血养是清气不升，阴火不潜是浊气不降，这也是升降失常的一种表现。心主身之血脉，故不独心悗，且影响周身气血亦乱。如妇人可见“经水不时而下，或适来适断，暴下不止”（李杲《兰室秘藏》人民卫生出版社影印，1957年）；或“元气不行，胃气下流，胸中三焦之火及心火乘于肺，上入胸灼髓，火主散溢，瞳孔开大”（《兰宝秘藏》），以致形成内障眼病等等。
李东垣认为脾阳升清也与胆气春升是相辅相成的。“胃气、谷气、元气、甲胆上升之气一也，异名虽多，只是胃气上升者也”，说明甲胆少阳之气赖胃气以化生，而肝胆的升发作用又有助脾胃的升降功能。故说“少阳行春命，生万化之根蒂也，更少加柴胡，使诸经右迁，生发阳明之气”，若“胆气不升，则飧泄肠澼不一而起”。
肾之元气，“乃先身生之精气也，非胃气不能滋之”，若脾失升清，“肾间受脾胃下流之湿气闭塞其下，致阴火上冲，作蒸蒸而燥热，上彻头顶，旁彻皮毛，浑身燥热作”（《内外伤辨惑论》）。说明脾气下陷，肾间阴火沸腾上冲，是内伤发热的病机之一。或脾虚湿气下流乘肾，“则骨乏无力，是为骨痿，令人骨髓空虚，足不能履地”，由于肾主生殖，司月经，若“脾胃有亏，下陷于肾，与相火相合，湿热下迫，经漏不止”（《兰宝秘藏》）。此皆脾失升清，影响于肾所产生的病变。
综上所述，凡脾失升清，则元气不足，影响相关脏腑功能衰退；同时，又致阴火妄动，即为浊气不降，影响有关脏腑机能失调。但在升降失调的矛盾之中，脾失升清是矛盾的主要方面；所以在元气与阴火的矛盾之中，元气不足是矛盾的主要方面；因而，涉及脏腑功能衰退与失调的矛盾之中，则功能衰退是矛盾的主要方面，此即东垣的基本病理观点。
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